Die Nachkriegszeit ist im Gegensatz zu der Zeit vor dem 2. Weltkrieg von wissenschaftlichen Erfolgen geprägt. Nach der Wiedereröffnung der Universität beginnt ein intensiver Neuanfang, der viele Forschungsbereiche erfaßt. Am Botanischen Institut können Mittel bereitgestellt werden, von denen Forschung und Lehre profitieren. Bei der Wiederherstellung des Gartens erfolgen mehrere Umgestaltungen. Zunächst werden neue Gewächshäuser errichtet, darunter das große Tropenhaus. Durch die neuen Kapazitäten erreicht die Produktion von Pflanzensamen einen Rekord. Im internationalen Vergleich liegt das Botanische Institut in den 60er Jahren an der Spitze. Dieser "Produktionsbetrieb" hat tiefgreifende Strukturveränderungen im Alten Botanischen Garten zur Folge. Für das massenweise Anziehen von Pflanzen sind große Anbauflächen erforderlich, was dazu führt, daß die alten Systembeete rasterförmig und damit wirtschaftlicher gestaltet werden. Mit dem sog. "Großen System" in der südlichen Gartenhälfte rückt seit 1867 erstmalig wieder ein formales Element in den Vordergrund. Belange der Gartendenkmalpflege spielen in dieser Zeit kaum eine Rolle. Ein Blick zurück macht aber auch deutlich, daß schon am Ende der Ära Wenderoth viereckige Systemfelder dem landschaftlichen Gefüge einverleibt wurden (Plan von 1854). Auch viele Einzelstrukturen des Wigandschen Gartensystems werden nun aus Pflegegründen überformt, funktional gestaltet. Es ist die Nachkriegszeit, in der die meisten Gartenwege begradigt, eingefaßt und asphaltiert werden. Als positive Errungenschaft kann die Anlage des Arzneigartens vor dem Institut für Pharmazeutische Biologie gelten. Somit geht ein Wunsch Wenderoths gut 100 Jahre nach seinem Tod doch noch in Erfüllung.