Der Morphologe Eberhard Goebel (1855-1932) setzt während seiner kurzen Amtszeit (1886-1891) den Schwerpunkt auf den Ausbau der "Morphologischen Abteilung". Das Spezialrevier befindet sich auf der kleinen Halbinsel am Ostufer des Teichs. Es enthält Bäume und Sträucher, die sich in Habitus, Blatt- und Blütenform durch abnorme Eigenschaften von gewöhnlichen Gehölzformen unterscheiden. Besonderes Augenmerk gilt den Schlingpflanzen, wozu zahlreiche Rankgerüste im Garten aufgestellt werden. Davon stehen noch einige im Garten. Wigands Alpinum wird vom Pilgrimstein an den Mühlgraben verlegt, denn in der Sonne gedeihen die Alpenpflanzen besser als im Schatten. Den freigewordenen Platz am Pilgrimstein nutzt Goebel für den Ausbau der Farnabteilung. Von seinen Reisen nach Südamerika bringt Goebel amerikanische Freilandfarne an den Pilgrimstein.
Unter Arthur Meyer (1850-1922 findet 1910 das 100-jährige Gartenjubiläum statt. Inzwischen hat der Alte Botanische Garten wieder seine Kapazitätsgrenze erreicht. Da eine Ausdehnung nicht mehr möglich ist, erreicht der Bestand die höchste Dichte. Weil auf Fällungen weitgehend verzichtet wird, ist kaum Platz für neue Exoten. Nur in den Geographischen Zonen ist ein Austausch von Gehölzen belegbar. Im Jahr 1907/1908 - noch rechtzeitig zum Jubiläum - vermeldet Meyer den Abschluß der "Japanischen Partie". Außer den Verlusten, die sich aus der Verbreiterung des Pilgrimsteins im Jahre 1894/95 ergeben hatten, sind wohl keine größeren Abgänge zu verzeichnen.